传统高性能计算（HPC）系统架构以速度为核心，而高安全计算机系统通常需要牺牲速度来换取安全性。然而，生命科学等众多科学领域需要同时具备高性能和安全性，以便大规模处理敏感数据。本文提出了RAMSES（Research Accelerator for Modeling and Simulation with Enhanced Security），一个从底层设计的安全增强型HPC系统，旨在在强大的安全框架内提供高性能。RAMSES集成了AMD处理器的硬件级内存加密技术，并结合IBM Storage Scale和Thales CipherTrust管理器的最先进文件加密方案，构建了一个在整个数据生命周期（静态、传输、使用中）均实现持续加密的HPC平台，符合欧洲通用数据保护条例（GDPR）、ISO/IEC 27001认证和联邦信息处理标准（FIPS）等主要数据保护标准。此外，系统实现了高级操作系统加固、多层安全架构和强制性多因素认证，使HPC环境适应更高的安全需求。来自生物医学领域的基准测试结果表明，安全环境对性能的影响有限，证明了在保持系统一致性、灵活性和用户友好性的前提下，可以实现速度与安全这两个相互冲突要求的整合。本文适合HPC架构师、安全工程师以及对安全敏感数据处理感兴趣的研究人员阅读。