论文 bioETH-Beacon 提出了一种基于全同态以太坊虚拟机（fhEVM）的机密基因信标协议，旨在解决 GA4GH Beacon 协议中存在的隐私风险。现有 Beacon 协议允许研究人员查询某个基因组变异是否在参与队列中被观察到，并返回聚合的变异级别计数，但存在两个主要隐私问题：托管机构可以查看明文查询，并且反复的稀有变异查询可能支持成员推断攻击。bioETH-Beacon 将 Beacon 的“聚合计数”查询移植到智能合约中，在 fhEVM 上对加密数据执行操作。医院上传加密的标记-计数条目，授权研究人员提交加密的标记查询，合约返回加密的答案，然后通过链下密钥管理服务仅将结果发送给合约链上访问控制列表（ACL）中指定的请求者。该设计组织为一个 3×4 的按查询族分层的网格，涵盖基因型、性别、年龄和表型查询，不同层级在更强保密性和更低查询成本之间权衡。对于基因型路径，原型可以在链上添加有界噪声以缓解探测攻击。基于多基因评分（PGS）目录的合成数据面板实验显示了预期的扩展行为，并证明当公共标记存在是可接受的权衡时，预聚合可以显著降低查询 gas 消耗。总体而言，bioETH-Beacon 提供了一个无需可信计算评估器的机密 Beacon 式基因组查询研究原型。