该论文提出了一种基于CKKS全同态加密（FHE）的端到端加密控制管道，用于解决多智能体云协调中的隐私与协作冲突。传统方法需要将智能体状态明文发送给中央服务器，存在隐私泄露风险。FHE理论上允许对密文直接计算，但算术约束苛刻，需重新设计控制环路的每个阶段。本文创新性地将感知、状态估计、状态传播和共识控制全部在CKKS加密域中实现，仅使用加法、乘法和循环旋转操作。为降低FHE计算开销，采用稳态卡尔曼增益替代在线矩阵求解，并通过对角方法应用图拉普拉斯算子，其代价正比于非零循环对角数，可统一处理环、环面和完全图拓扑。论文利用分离原理解耦控制器与观测器误差动力学，推导出周期性自举界，将CKKS自举视为脉冲扰动，从而得到稳态误差球，其大小由自举精度和闭环谱半径决定，为隐私-精度权衡提供了直接设计方程。在多智能体编队控制场景中验证了该管道，证明在加密条件下系统稳定跟踪误差有界，性能可行。