传统高性能计算（HPC）系统为速度而优化，而高安全计算机系统则需牺牲速度换取安全。然而，生命科学等众多科学领域需要兼顾性能与安全，以便大规模处理敏感数据。本文提出的RAMSES（Research Accelerator for Modeling and Simulation with Enhanced Security）系统，从底层设计旨在在强健的安全框架内提供高性能。RAMSES集成了AMD处理器的硬件级内存加密、IBM Storage Scale的最先进文件加密以及Thales CipherTrust管理器，构建了一个在数据生命周期（静态、传输中、使用中）全程持续加密的HPC平台，符合主要数据保护标准（欧洲通用数据保护条例、ISO/IEC 27001认证、联邦信息处理标准）。此外，还实现了高级操作系统强化、多层安全架构以及强制性多因素认证，使HPC环境适应更高的安全需求。来自生物医学领域的基准测试结果表明，安全环境对性能的影响有限，速度与安全这两个矛盾的需求能够以连贯、灵活且用户友好的方式实现整合。