本文针对现代VLSI物理设计（PD）知识产权（IP）保护问题，提出了一种名为PDMarks的Kerckhoffs合规水印框架。物理设计IP包含优化后的单元布局、时钟分配和布线决策，是芯片设计流程的核心资产。随着PD工具的可访问性增加，未经授权重用布局布线数据库的风险日益突出。现有PD水印方法要么仅保护单一设计阶段，要么依赖隐藏的构造细节，在面临白盒攻击者时存在安全隐患。PDMarks的安全性仅依赖于一个32字节的秘密密钥，符合Kerckhoffs原则。该框架在物理设计流程的多个阶段（包括布局、时钟树综合（CTS）和布线）嵌入所有权水印。所有水印实例和目标值均通过HMAC-SHA256从密钥确定性派生，确保嵌入和验证的一致性。PDMarks已集成到OpenROAD-flow-scripts开源流程中。基于NanGate45和ASAP7工艺库的实验表明，与现有方法相比，PDMarks在保持相同或更小的PPA（功耗、性能、面积）开销的同时，提供了更强的所有权证明。所有评估设计的近似联合全阶段巧合概率低于10^{-32}，表明水印的唯一性极强。错误密钥和攻击评估显示，错误密钥无法重现完整的所有权证明，且破坏水印需要广泛扰动受保护实现。该工作为物理设计IP保护提供了一种高效、安全且可验证的水印方案。